Konusu Evrensel Yüzyıl'ın 0079 yılıdır. İnsanoğlu “Taraflar” olarak bilinen koloni kümelerinde yaşayan uzaya taşındı. Bu Taraflardan biri kendisini “Zeon Prensliği” olarak ilan eder ve şu anda Dünya'yı yöneten hükümet organı olan Dünya Federasyonu'na savaş ilan eder. Zeon, “mobil giysiler” olarak bilinen güçlü insansı robotları kullanarak hızlı bir şekilde üstünlük kazanıyor.
Çatışmaya dokuz ay kala, Dünya Federasyonu Gundam adı verilen kendi güçlü mobil takımını geliştirdi. Zeon, Gundam'ı tutan koloni üzerine bir saldırı başlattığında, Amuro Ray adında 15 yaşındaki bir sivil aniden kendisini kendisini düşman ve asıl pilotu Char Aznable'a karşı çukura sokan bir çatışma içinde attı.